Nació el 8 de octubre de 1914 en Rafaela, Santa Fe.
Desde muy pequeño le diagnosticaron una enfermedad ósea llamada Mal de Pott, un tipo de tuberculosis que ataca la columna vertebral. Para enderezarle la espalda solían atarlo a una camilla durante horas. En su infancia estudió piano, pero las horas de estudio no eran recomendables para alguien con sus problemas. Sus intensos dolores le impidieron continuar.
En 1939 inició su formación artística con su padre, Cayetano Flores Góngora (un español egresado de la Escuela de Bellas Artes de Granada, radicado en Rafaela en 1910 que se convertiría en el primer pintor de la zona) quien a través de una estricta educación le otorga los primeros conocimientos en dibujo y pintura.
En 1949, radicado en la ciudad de Santa Fe, ingresó a la Escuela Provincial de Artes Plásticas (hoy Juan Mantovani), egresando en el año 1952.
Perfeccionó sus estudios de dibujo y pintura con el destacado artista rosarino Oscar Herrero Miranda y en 1954 trabajó en el taller del pintor Ricardo Supisiche.
A partir de 1956 de dedicó a la enseñanza artística en diferentes establecimientos de la provincia. Fue designado responsable del Taller Municipal de "Festejos y Ornamentación" de Santa Fe; accedió al dictado de clases en la cátedra de Dibujo y Color en la Escuela Municipal de Artes "Manuel Belgrano" de Santa Fe; en 1956 fue nombrado Profesor de Cultura Visual para alumnos de danzas del Liceo Municipal de Santa Fe; en 1957 obtuvo la cátedra de Dibujo en la Escuela Industrial Superior de la Universidad Nacional del Litoral; y en 1963 toma la cátedra de Color, en la misma institución. Todos estos cargos fueron obtenidos mediante concurso.
En 1955 creó, organizó y atendió "ad honorem" el taller libre de arte en la Biblioteca "Mariano Moreno", en la capital santafesina.
En 1958 organiza un cursillo de Composición con la dirección de Oscar Herrero Miranda.
En 1959 co-fundó el Grupo Setúbal junto a los pintores José Domenichini, Ricardo Supisiche, Armando Cesar Godoy, Ernesto Fertonani, Matías Molina y Jorge Planas Viader, realizando exposiciones en Salta, Santa Fe, Buenos Aires y en el exterior.
En 1960 fue nombrado Integrante de la Comisión de Reestructuración de la Escuela de Arte de Santa Fe.
En 1961 la Secretaría de Cultura de Santa Fe lo designó como Director del Museo Municipal de Artes Visuales "Sor Josefa Díaz y Clucellas". En ese mismo año organizó las exposiciones "Grabadores de Santa Fe" y "Exposición Homenaje" en honor al artista Ludovico Paganini. En el mismo año, junto a la educadora rafaelina Leticia Cossettini experimenta con juegos para niños en el Liceo Municipal "Antonio F. del Arco" de Santa Fe, y expone junto al Grupo Setúbal en la Galería Van Riel de Buenos Aires.
En 1962 dicta cursos de Cultura Visual para docentes guías en el Instituto del Profesorado Básico de Santa Fe. Participó también en la muestra "Teatro de los 21" en México, Guatemala, Honduras y Nicaragua, junto a Supisiche, López Claro y Molinas.
En 1966 asume como regente interino en la Escuela Municipal de Diseño y Artes Visuales "Manuel Belgrano".
Realizó numerosas exposiciones individuales y grupales. Participó en diversos salones en los cuales fue reconocido y premiado, entre ellos: Primer Premio "Municipalidad de Rafaela", sección Dibujo, Primer Salón Departamental de Artes Plásticas del Centro Ciudad de Rafaela (1946); Mención, sección Pintura, Salón Anual de Artes Plásticas de Ceres (1947); Premio "Gobierno de Santa Fe", XXV Salón Anual Nacional de Santa Fe (1953); Premio "Paisaje", Salón Anual de Artistas Plásticos Santafesinos (1953); Medalla de Oro y Premio de Honor "Don Ludovico Paganini", Salón Anual de Artistas Plásticos Santafesinos (1953); Premio Extraordinario "Intervención Federal", XXIX Salón Anual de Artistas Plásticos Santafesinos (1955); Premio Adquisición, San Justo (1955); Quinto Premio, sección Pintura, Salón Anual Nacional de Santa Fe (1959); Segundo Premio, sección Pintura, Salón del Departamento Castellanos (1960); Tercer Premio, Concurso de Insignias, Facultad de Química, UNL (1960); Primer Premio, sección Pintura, Salón de la Obra Social de la Universidad Nacional del Litoral (1965).
Fue socio activo de la Asociación de Artistas Plásticos Santafesinos e integró la comisión organizadora de exposiciones de la Compañía de Seguros San Cristóbal.
Integró jurados en diversos Salones, entre ellos: Concurso de Artistas Plásticos de Entre Ríos (1957); III Salón del Litoral de Entre Ríos (1959); y Salón de la Escuela Industrial de Santa Fe (1959).
Falleció a los 53 años, a causa de su enfermedad, el 21 de enero de 1968 en las sierras de Córdoba, donde se encontraba veraneando con su familia.
El 30 de abril de 1973, mediante Decreto-Ordenanza N° 3918, le es impuesto el nombre "Miguel Flores" al Liceo Municipal de Rafaela, a instancias de Don Nelson Rossetti, quien recuerda que Miguel Flores fue el principal impulsor para la creación de una Escuela Taller de Artes Visuales en esta ciudad, siendo promotor y asesor del Taller Municipal de Pintura hasta su inauguración en 1959. Precisamente él fue quien -impedido personalmente de dar clases por razones de salud- recomenzó a dos artistas plásticos santafesinos: Armando César Godoy y Ernesto Fertonani, para actuar como profesores, siendo finalmente contratado este último.